感觉得稍微反思一下天天做了些什么以免天天做的东西全忘光...
封面从呃呃漆图里随便选的
2025.2.14 开会
老师的项目算NEB、高通量考虑筛选/光吸收系数、手性分子项目搁置
准备下周讲的论文
2.15 算NEB，抄教程，插3个点，没有弛豫出结果（电子步从80到5-10之间震荡后刷上100）
Han Gao et al. ,Homogeneous crystallization and buried interface passivation for perovskite tandem solar modules.Science383,855-859(2024).DOI:10.1126 science.adj6088
通过使用一种与前驱体成分强烈配位的添加剂（氨基乙酰胺盐酸盐（AAH）
）来解决大面积铅锡（Pb-Sn）窄带隙（NBG）钙钛矿的非均匀性
感觉得整理一下表征方法和说明性质的对应关系
2.16 NEB改成插4个点，不算是得到了正常的结果（过渡态强烈倾向于两侧）
氧化铝的项目可能考虑些其他内容比较好
继续看论文，勉强理解了薄膜均匀性改善的点，但还是不算太懂（补充材料中的图特别多）
最好看看电池结构
喝了两天蜜雪冰城，记得给工位买杯子、杯垫（不记得宿舍有没有）、茶球（茶包？）
2.17 暂时把NEB放下搞AIMD吧（
xf师姐的两个任务
1：筛选苯环基材料的代码这个路径里面生成的主要文件mol和poscar文件集合数量不对应，检查清楚原因
rdkit的问题（？），https://github.com/rdkit/rdkit/issues/1433，有构型限制搜索不出来，轻度修改原先代码，增大尝试次数，不够，只能直接回复（
update：解释过原因之后发现变成了根本不需要直接改程序的结果（
useRandomCoords这个选项应该也没有影响
https://greglandrum.github.io/rdkit-blog/posts/2021-01-31-looking-at-random-coordinate-embedding.html
2：文件中对应的伪卤素的分子结构式和CID号，把里面的结构在谷歌学术中找到对应的没有人研究过的那部分伪卤素（关键词阴离子伪卤素+perovskite）；第二部分是无结果的那部分伪卤素放进购买药品的数据库中去对应搜索。
晚上做（然后晚上根本没做）还要继续看论文（也完全没看）
据老师说接下来氧化镓可能会有新项目
算是相当颓废的一天（前一天晚上热得睡不着结果从5点睡到11点，晚上还出去吃烤肉去了花了3h才回来）
虽然开学第一天就这样但是无论如何明天也得继续做事（
2.18 似乎按道理NEB还是应该先跑（？
总之还没开始AIMD（
原先的方法走直路要跨过铝原子，多加了一个点（改了一个点）看情况能不能改善
做xf师姐昨天布置的第二个任务，调试调得头痛（
下午遗留的问题有google scholar访问次数过多（等待）、cid查找cas错误（改用selenium）
晚上算是解决掉了？但是还是明天再跑谷歌学术爬虫（
预备一下另一件事，算完static之后，还需要读取static里面的能量，然后进行从高到底的排序，汇总在一个excel表格里。表格里信息包括排序。结构的CID号。还有E0，也就是能量
看论文进展至少把一堆表征方法这段看掉了（
2.19 NEB把中间原子向上抬了0.2埃加上增大离子电子步数再跑一次
然后发现弛豫出的初始结构离点位差了点（所以要重新算一算
难不得加到1000电子步都算不出来...
srds晚上还是没有进展（加的mid点弛豫不出来
努力看论文，下午算是看完了（周五再复习一次比较好
xf师姐的任务2感觉google scholar限制很严格...最后加到5min一次询问还封就没办法了（这里只能先再跑一次明天再想办法了...记得留下输出记录！可以右键命令提示符导出文本
以及明天要不要换换心情跑AIMD试试（既然给了yj师姐的计算文件感觉至少可以试试体相
今天杯子和茶球到手了泡了一次罗汉金桔感觉这东西得加糖喝...好难喝（以及渣好多
明天泡一次家里给的一点点疑似很贵的茶好了（今天又喝了两次蜜雪冰城忏悔
顺便明天中午和老师吃饭别忘了（
2.20 NEB最有进展的一集（指换到0层发现好算多了...
以及顺便也跑一下体相的AIMD（总之跑上了
刚好在要下班的时候跑完了（srds这体相的结构成熟到不能再成熟了...也就是积累一下经验x
xf师姐这个感觉现在最切实的方法是分成三个文件挂不同梯子做完了（
结果分了四个文件（但是总算能跑了
然而第二步又寄了（程序获得SDF又没有氢原子
明天高通量一定记得把所有弛豫不出来的算一下几个因子统计一下数据（以及复习晚上要讲的ppt
今天泡了茶喝感觉也没那么特别...？（和在家喝的时候比）以及罗汉金桔只有水比较热的时候才能喝（
以及去和老师吃饭被批评了一次stO所以不说一周周内天天早起至少早起3天吧（所以明天9点一定要到！
买了4060但是等到开完明晚的会再装！！！
2.21 又到了每周开会的日子（甚至今天开始下午也有组会要开了
上午统计了一下高通量的结果感觉看不出什么东西来（
以及xf师姐的新任务，苯环课题文件夹的建立：在高通量筛选苯环基材料的代码路径下，建立文件夹“优化和静态”； 在优化和静态文件夹中，按照高通量筛选苯环基材料的代码/poscar_files 路径下，依次以这些子文件的代码为名称建立分文件夹（例如第一个名为“101”），并在每个代号的子文件夹分别命名“relax”和static文件夹； 并且把对应的INCAR, KPOINTS, 和POTCAR，POSCAR放进relax文件中，其中POTCAR，KPOINTS也要放进static文件中，这四种文件的放置分别用不同的命令单独实现，以防我后来只想换其中一种文件夹。
太好了是新任务（虽然不难做在组会前做完了
会上的新任务：从hc师兄那里学习做一个Mxx（忘了叫啥）势，参考文章：Complex Ga2O3 polymorphs explored by accurate and general-purpose machine-learning interatomic potentials
一问师兄发现他也没懂老师要让窝干嘛...（所以先摆了
晚上的会居然延迟到明天了（所以一点做事的动力都没有...
调了一下之前的任务2仍然没调出来（好麻烦...
2.22 今天开三方会议
白天出去见同学、科服面试、洗衣服、装4060结果主板寄了最后更新BIOS解决，结果折腾半天已经要开会了啥都没做stO
xf师姐半小时内没有回复所以今晚也没开会（
在等待xf师姐的时候调出来了第二个任务所以晚上先挂机跑着
2.23 本周第三次今天开三方会议
昨天挂机跑的第二个任务结果94个里面只找到3个有CAS号还全都买不到
总之今晚报告一下下午就先放着
氧化铝界面的AIMD也正式跑上了（暂且只跑了两个因为一个任务要用320个核...
也是时候选下周的论文了（选了一篇看起来不太添加剂的...然后发现zy师姐今天讲的就是这一篇stO
预备一下另一件事，算完static之后，还需要读取static里面的能量，然后进行从高到底的排序，汇总在一个excel表格里。表格里信息包括排序。结构的CID号。还有E0，也就是能量
今天一天都有点停留在昨天科服面试失败的感觉中什么都不想做...突然有点怀旧了
感觉除了科研生活以外也需要用一篇别的博客...
今天开会没太多补充信息，主要是高通量那个筛选不要通过容忍因子，而是通过考虑不合理的价态进行检查与排除，这个工作明天开始做反正AIMD跑起来很慢...
2.24 上午在调压制和给xf师姐打杂中度过了（
下午也在做这些事（总之整理一下还有哪些
以及伪卤素的静态结果需要做一个能量读取，然后在excel表中写明化学式，CID号，对应的能量排序的文件
应该有414个XXX_opt的文件夹但是实际上不足414个（这一项今天做完了
苯环结构那里需要修改一些东西：第一，有一些含有正价或者负价的结构，不是电中性的，需要去除一下；第二，有些结构含有金属元素，像Mg,Al,Li,Na,Sc等等也去除一下；第三，我把INCAR和KPOINTS的计算精度调整一下，看看这样能不能算的更快一下。前两项需要调整
总之今天AIMD还在跑，然后检查价态这里感觉效果还不错但是也排除不干净
晚上考虑不合理的价态这部分没什么进展（问deepseek算进展嘛...
今天压23夏巡昼场的结果很好所以可能夜场再压一次（？
2.25 上午在宿舍睡懒觉被push了stO所以明天还是早起吧（虽然要洗衣服）明天上午扔洗衣机中午回去烘干吧
中午把能量读取这里做完了，AIMD跑完了一个所以又交了一个上去（但是hc师兄要用所以今晚这个跑完暂时先不交了
把一个AIMD教程放这里（后处理用）：https://zhuanlan.zhihu.com/p/359874915
下午把苯环结构那里要去除的列表程序做出来了，正在跑，以及问了xf师姐关于不合理价态的其他问题（做得好像也不是很多
晚上忙着调自动识别字幕脚本AIMD跑完了，苯环结构那里网络连接不是太稳定...明天再试
今天尝试了煮茶煮完发现大红袍不适合煮stO虽然味道感觉没太大差别（最后加了牛奶喝掉了感觉自己糟蹋了这最后一点的高级茶叶...
2.26 到了吃晚饭的时间才来写...
今天是调程序的日子（大雾
（指上午轴了annilive23的轴下午调了半天自动轴的程序
下午剩下的时间里调整了不合理价态的程序（srds进展不大...）以及又交了一个AIMD
晚上一定要写完苯环结构去除！总之在跑了（
跑完+调整了提交的代码（虽然感觉xf师姐又在忙着做实验...一直没回
已经把AIMD的三个铝界面算出来了，画了一下图感觉结果都还行，但是21-1的铱原子结构乱了（
有点闲下来了感觉应该读读论文啥的（？
茉莉花茶送到得超级快，今天上午就到了（然而友情提供煮茶壶的师姐今天一天都没来
总之泡了一次喝感觉还可以（
另外今天晚上又出去吃饭去了（吃的周一那家店旁边的湘菜
为了钱包考虑尽量不要出去吃太多次比较好（
最后，明天是22/7日！所以正在考虑要不要做点什么和平常不一样的事（要不也去一个人唱ktv好了x
2.27 总之决定下午去ktv了...srds上午依然非常颓废
上午看了一下AIMD单层氧原子的情况发现21-1一样寄了（
另外又调整了不合理价态的程序现在剩下的结构又缩减到了一半
顺便重新打开了光催化系数的教程
看看下午做啥（毕竟晚上不会来工位
很好下午啥都没干（服务器占满了都没啥事能做...
2.28 昨晚一个人在ktv爽唱3h（结果今天又想去了但是显然不行
上午交了两个AIMD的新任务然后帮别人写了个题目stO
下午开组会的意思大概是用MTP训练一个β-氧化镓的势（？总之之后要再问hc师兄
以及下周开两个会都有发表stO
分析了AIMD势能之后发现常温下001就会倾向于变成111表面...总之是神秘结果（能量倒是都还挺正常的
晚上去萨莉亚好了